Ressource pédagogique · Non dispositif médical · Ne remplace pas le jugement clinique
Comment les données sont sélectionnées, comment les niveaux de preuve sont calculés à partir du type de source citée, et ce que cet atlas ne dit pas. Ressource pédagogique, non dispositif médical.
SeptiMap est actuellement développé et maintenu par son auteur. Une relecture infectiologique externe indépendante est en cours ; elle n'est pas terminée. Cette transparence est intentionnelle et fait partie de la crédibilité de l'outil.
SeptiMap est un outil pédagogique visuel destiné aux professionnels de santé et aux étudiants en santé. Son objectif est d'aider à la compréhension des localisations anatomiques, mécanismes et foyers infectieux associés aux principaux pathogènes documentés.
Il ne constitue pas un dispositif d'aide à la décision clinique, un outil de diagnostic, ni un guide thérapeutique individualisé. La décision médicale appartient exclusivement au professionnel de santé.
Les textes de ce site ont été rédigés avec l'aide d'un assistant d'intelligence artificielle, puis relus par l'auteur seul. Aucune association germe-organe n'a été validée par un tiers. Le niveau de preuve est calculé par une règle fixe selon le type de source citée (méta-analyse ou essai randomisé : A ; recommandation ou cohorte : B ; série de cas, avis ou revue : C ; aucune source : D) — ce n'est pas une évaluation GRADE. La vérification des sources porte sur l'existence et la concordance des DOI (Crossref), pas sur leur contenu.
Les données ont une portée principalement européenne/française. Les prévalences et les profils de résistance varient selon les régions.
La version anglaise ne traduit pas le contenu médical. Elle distingue deux choses : les termes normalisés et la prose clinique.
Les termes normalisés — noms d'espèces (LPSN), phénotypes de résistance (ECDC/CDC, EUCAST), structures anatomiques (Terminologia Anatomica), dénominations communes des molécules (DCI de l'OMS), noms de syndromes et de contextes (MeSH) — sont affichés dans leur forme internationale officielle. Écrire MRSA au lieu de SARM n'est pas traduire : c'est citer le registre. Chaque terme anglais du site vient d'une table unique, avec son registre et sa référence, vérifiée à chaque construction ; un terme qui ne figure dans aucun registre reste en français, et la fiche affiche le nom latin.
La prose clinique — notes, points clés, posologies, justifications des niveaux de preuve — reste en français, marquée « FR » en interface anglaise, tant qu'aucun clinicien anglophone ne l'a relue. Une erreur d'unité ou de nuance dans une posologie traduite par une machine est exactement la faute que ce site ne peut pas se permettre. Un médecin étranger peut donc partir d'un germe et trouver ses localisations, leur niveau de preuve et leurs sources — ou partir d'un organe et trouver les germes — sans lire un mot de français ; la prose est un complément, signalé comme tel.
Chaque tropisme anatomique s'appuie sur la littérature médicale primaire indexée (PubMed) et sur les recommandations officielles des sociétés savantes. L'appareil bibliographique a été entièrement re-vérifié : chaque DOI cité résout vers l'article annoncé (concordance titre / revue / année contrôlée contre Crossref).
Limite en cours de traitement : une partie des prévalences de tropisme n'est pas encore adossée à une source individuelle et est signalée en niveau de preuve D (« donnée non sourcée »). Ce travail de traçabilité est en cours ; les fiches concernées sont explicitement marquées.
Aucune posologie, aucune source ni aucun DOI n'est ajouté « pour compléter » : une référence qui ne peut être vérifiée est retirée plutôt que conservée. Lorsqu'un tropisme n'est pas documenté par une source identifiable, il est soit classé « Non documenté », soit conservé avec un niveau de preuve D explicite.
Le niveau de preuve est calculé, jamais attribué : une règle fixe, appliquée à chaque foyer, le déduit du type des sources citées (type de publication enregistré dans la bibliographie). Ce n'est pas une évaluation GRADE (GRADE Working Group, BMJ 2004;328:1490) : la lettre dit ce qui est cité, pas la qualité méthodologique de chaque étude.
Aucun des cinq jugements GRADE (risque de biais, incohérence, imprécision, caractère indirect, biais de publication) n'est documenté par tropisme ; la lettre traduit seulement le type de source citée, selon la règle ci-dessous — aucune appréciation n'y entre.
Recalibration (septembre 2026) : la prévalence d'un tropisme organique découle presque toujours de données observationnelles ; le grade A est désormais réservé aux tropismes appuyés par une méta-analyse ou un essai randomisé vérifié. Les tropismes non adossés à une source individuelle sont classés D (« non sourcé »). Distribution actuelle des 249 tropismes : A 9 · B 156 · C 69 · D 15.
Une ligne par association pathogène → organe : niveau de tropisme, niveau de preuve (calculé selon le type de source citée), voie de dissémination, sources citées et leurs DOI. Les tropismes non documentés y figurent, avec leur mention — les retirer donnerait un jeu de données plus flatteur que le corpus réel.
Licence : CC BY 4.0 — retenue par l’éditeur (10 septembre 2026). Réutilisation autorisée, y compris commerciale, sous réserve d’attribution à SeptiMap et d’un lien vers la source ; la mention et l’URL sont reprises dans les fichiers exportés, qui circuleront sans cette page.
Les modèles anatomiques 3D proviennent du Human Reference Atlas (HRA) / HuBMAP (NIH / National Library of Medicine), humanatlas.io. Ils sont utilisés sous licence CC BY 4.0 (Creative Commons Attribution).
Certaines structures anatomiques non disponibles dans le HRA (oreilles, sinus, thyroïde) sont représentées par des formes procédurales simplifiées, signalées dans l'atlas comme « forme schématique — non issue d'un modèle anatomique mesuré ». Les ganglions, les jugulaires et le médiastin n'ont pas de forme 3D : ils figurent dans la liste des foyers avec la mention « pas de forme 3D disponible », et rien n'est dessiné à leur place. Un foyer cutané (visage, tronc, membres) est une zone teintée de la silhouette elle-même, jamais un objet rapporté. Les méninges et les plèvres n'existent pas comme modèles séparés : lorsqu'elles portent un foyer, l'atlas les dessine comme un contour fin de leur organe parent et les signale comme « enveloppe schématique dérivée du [organe parent] — non issue d'un modèle anatomique mesuré ». Les valves cardiaques viennent du cœur HRA mesuré ; le reste de l'endocarde reste rattaché au cœur entier. L'estomac, les surrénales, les testicules et les articulations viennent de BodyParts3D (DBCLS, CC BY 4.0), recalés dans le repère du Visible Human par une transformation mesurée, et non ajustés à la main.
Dans l'atlas 3D, la couleur ne dit pas quel organe : elle dit uniquement le niveau de tropisme documenté. Trois rôles, et rien d'autre : la silhouette (gris neutre, translucide), les structures non concernées par l'agent affiché (gris désaturé, le squelette plus discret), et les structures-foyers — une seule teinte, en trois intensités qui sont exactement les trois niveaux de la légende (élevé, modéré, rare). Aucune teinte anatomique (le foie n'est pas brun, la vésicule n'est pas verte), aucune hachure, aucune ombre : ce sont des langages visuels de plus, et ils empêchaient de savoir ce qu'une couleur signifie.
L'organe est nommé par son étiquette et par la fiche clinique, jamais par sa teinte. Décision éditoriale du 16 septembre 2026, à la suite d'un audit visuel de l'atlas.
Dr Clément Médeau — Docteur en médecine, médecin généraliste, La Rochelle (France). Toute erreur détectée peut être signalée à : contact@septimap.fr
Dernière mise à jour des données : 2026-11-10
Cette page est la version textuelle, engendrée à la compilation. L'atlas anatomique 3D nécessite JavaScript.